شبکه های Overlay نوعی از شبکه ها هستند که روی شبکه های فیزیکی( underlay ) ساخته می شوند. یک مثال از این شبکه ها Virtual Private Network یا VPN ها هستند. این شبکه ها با استفاده از اینترنت 2 یا چند شبکه ی خصوصی را به یکدیگر متصل میکنند. Docker میتواند این شبکه ها را ساخته و مدیریت کند و کانتینرها را درون این شبکه ها قرار دهد. زمانی که کانتینرها درون شبکه ی overlay دیپلوی می شوند، مهم نیست که روی کدام host در یک cluster قرار میگیرند؛ بعد از قرار گرفتن در این شبکه رفتار آنها را و مدیریت آنها تفاوتی با دیپلوی آنها روی یک host ندارد.